Согласно уставу Музэкскурса, принятому в 1920 г., в первоначальной структуре Азербайджанского Государственного Музея предусматривалось создание отдела археологии, истории и этнографии (заведующий отделом – Е.А.Пахомов). Несмотря на это, а также на поступление в отдел различных этнографических материалов путем собирательской деятельности, основные работы в этой сфере начали проводиться после принятия нового устава музея в 1925 г., а также после этнографических экспедиций 1925-1926 гг. в Гянджу, Нухинский (Шекинский) район, Гутгашен (Габалу), Варташен (Огуз) и Варданлы. Именно благодаря этим экспедициям, этнографический подотдел приобрел 155 экспонатов. Согласно инвентарной книге, свой первый экспонат Этнографический фонд получил в 1926 г., а уже в 1928 г. он насчитывал 606 материалов. В 1928 г. историко-этнографический отдел приступил к сбору материала для составления этнографической карты Азербайджана. В 1929 г., после начатых еще ранее работ по реконструкции и текущему ремонту, при историко-этнографическом отделе (заведующий – Н.Н.Пчелин) открылся подотдел современного быта. В экспозиции демонстрировались ковры, названные в периодической печати «настоящим шедевром кустарей Азербайджана». Однако изменения, произошедшие в тоталитарном советском обществе, дискуссии вокруг тара, мугама, чадры, папахи и т. д. оказали серьезное воздействие на структуру и экспозицию музея: весь музейный материал был поделен между двумя секторами. Сектор земледельческой культуры и ремесленной деревни, включивший в свой состав этнографический материал и созданный на основе отдела материальной культуры Азербайджана (заведующий А.Р.Зифельдт-Симумяги), возглавила Мария Кулиева, а сектор кочевого и полукочевого хозяйства – Исхаг Джафарзаде. Неизученность в тот период на должном уровне проблем истории и этнографии Азербайджана нашла свое отражение и в этнографической экспозиции.

Коренное изменение в жизни музея в 1936 г. – преобразование Госмузея в Музей истории привело в этот раз к закреплению Фонда этнографии за сектором истории феодализма в Азербайджане (заведующий – В.Н.Левиатов). В эти годы, которые характеризовались интенсивными работами по обогащению фондов, особое внимание было уделено собиранию этнографических и исторических материалов. По данным на 1 января 1939 г., число экспонатов в Фонде этнографии достигло 1676. В эти годы на выставку, организованную в филиале музея – во Дворце Ширваншахов, было передано до 500 этнографических экспонатов, относящихся к истории Азербайджана XIX в. Фонд подготовил 5 альбомов по жилью и вышивкам Азербайджана XIX в., собрал материал с объяснительным текстом для 13 альбомов по ковровым вышивкам Абшерона. Этнографические экспедиции, отправленные в 1938 г. в Гянджу и Шушу, выявили ценный материал по жизни и быту азербайджанцев, в т.ч., древние ткани, вышивки, представляющие высокую художественную ценность, штампы келагаи и др. Уже к 1 декабря 1940 г. Фонд этнографии насчитывал 3057 экспонатов. Материал, собранный в 1941 г. в Барде, Агдаме, Агджабеди, Лачине, а также в Нагорном Карабахе этнографической экспедицией Б.О.Абдуллаевой (руководитель экспедиции) и художника В.С.Островенеца, еще больше обогатил состав фонда. По данным на август 1943 г., число материалов в фонде равнялось 3498. В последующие годы музей, наряду с археологическими исследованиями, продолжил и этнографические поездки. Особую активность в этом деле проявляла руководитель Фонда этнографии З.Кильчевская. В результате таких поездок она впервые подготовила статью и альбом об азербайджанских вышивках XIX в., а также статьи по описанию женской и мужской одежды всего Карабаха.

В настоящее время Фонд этнографии является одним из самых богатых фондов музея. Общая численность его коллекции достигает 9012 экспонатов. Самыми древними экспонатами являются подсвечник, ступка и мангал XII в. Среди наиболее интересных экспонатов, относящихся к XV-XVIII вв. и отличающихся богатством форм и содержания, особое внимание привлекают медная посуда, шелковые ткани и образцы деревообрабатывающего ремесла. Большой интерес у специалистов, а также зрителей вызвала редкая миниатюра на шелковой ткани, относящейся к XVII в. Значительная часть этих материалов используется в освещении экспозиции сефевидского периода. Большинство хранящихся в фонде экспонатов по материальной культуре азербайджанского народа относится к XIX – началу ХХ в. Образцы материалов из меди, глины, дерева, ткани и ковры, воплощающие производственные традиции нашего народа, являются незаменимой научной базой для изучения национальных ценностей. В фонде хранятся также предметы быта, относящиеся к этническим меньшинствам, различным национальностям, живущим на территории Азербайджана. В фонде находятся также ковры и ковровые изделия, подаренные в разное время правительству, отдельным организациям, музею. Здесь также собрана богатая коллекция национальной одежды, являющейся одним из основных показателей материальной культуры азербайджанского народа. Большое историческое и художественное значение имеют чепкен (плечевая верхняя одежда) XVIII в. с серебряной обработкой, принадлежавший Афшарам, карабахский бахары (сезонная плечевая верхняя одежда) XIX в., одежда Хуршуд Бану Натаван.

В обогащении фонда новыми материалами, наряду с собирательской и закупочной деятельностью, важную роль играли этнографические экспедиции, продолжающиеся и по сей день. В этих экспедициях участвовали В.Ф.Трофимова, С.Казиев, З.А.Кильчевская, М.Кулиева, А.Измайлова, М.Атакишиева, Г.Абдулова, Т.Шириев и др.

Экспонаты Фонда этнографии были широко использованы на выставках, посвященных Азербайджану, в Норвегии, Ватикане, городах Чехии – Остраве и Праге. Они были также представлены на выставках, проведенных в самом музее – «Кавказская Исламская армия» (2008), «Мир мугама» (2009), «Баку – столица исламской культуры» (2009), «Карабах – очаг древней культуры Азербайджана» (2010), «Жемчужины Национального музея истории Азербайджана» (2010), «Вторая жизнь музейных экспонатов» (2011), «Медная столовая посуда Азербайджана» (2013), «Аршин мал алан-100» (2013), «Подарки дружественных стран» (2014), «Нефтяная летопись Азербайджана» (2014).

Начиная с 50-х гг. прошлого века, отделом этнографии руководили М.Кулиев, А.Абдуллаев, А.Измайлова. Хранителями фонда этнографии, находившегося при отделе, были З.А.Кильчевская, М.Джабраилова, Н.Мехдиева, А.Дадашева, А.Рустамбекова. С 2006 г. отдел стал именоваться научно-фондовым отделом этнографии и с того времени им руководит доктор философии по истории Гюльзаде Абдулова, руководитель фонда – доктор философии по истории С.Насирова.

На основе фондовых материалов изданы каталоги «Хуршуд Бану Натаван-180» (2012), «Мирза Фатали Ахундзаде-200» (2012), «Карабахские ковры» (2013), «Ковры Баку, Ширвана, Губы» (2013), книга-альбом «Медная столовая посуда» (2013). К печати готовятся монография «Ювелирное искусство Азербайджана», каталоги «Тебризские ковры», «Гянджа-Газахские ковры», «Геометрические узоры на азербайджанском ковре», «Исламская культура и азербайджанский быт».