Фонд документальных источников был создан на базе научного архива Музея истории Азербайджана в 1996 году. До создания фонда в научном архиве хранились тематические планы экспозиций, отчеты проводившихся археологических экспедиций и отчеты о проделанной сотрудниками музея работе, различные научные издания, календари и другие материалы. Первая запись в инвентарной книге научного архива была сделана 20 ноября 1953 года. После создания фонда документальных источников официальные документы, отражавшие деятельность музея, был переданы в архив музея.

В фонде хранятся различные материалы, охватывающие период с начала XIX в. по сегодняшний день, в т. ч. документы и фотографии, отражающие развитие азербайджанской культуры, просвещения, науки и литературы, возникновение национальной печати. Среди них – личные коллекции Мирзы Фатали Ахундзаде, Гасан бека Зардаби, Наджаф бека Везирова, Рашид бека Эфендиева, Теймур бека Байрамалибекова и др., редкие экземпляры газеты «Экинчи», журнала «Молла Насреддин» и печатных органов, издаваемых в конце XIX – начале XX в., документы просветительских обществ и действовавших при них учебных заведений. Одной из редких жемчужин фонда является хранящийся в фонде Коран, изданный в 1877 г. на французском языке в Париже, с личной печатью владельца – известного представителя азербайджанской интеллигенции Абульфат аги Шахтахтинского. Еще больше обогащают коллекцию фонда материалы Бакинского Университета, студентов, отправленных правительством Азербайджанской Демократической Республики для учебы за границу, и, в целом, различные документы о многогранной деятельности Первой Республики.

Интересными материалами фонда являются документы и фотографии, отражающие путь, пройденный национальным театром. Особо следует отметить среди них материалы, освещающие творчество Узеира Гаджибейли, Муслима Магомаева, знаменитых актеров азербайджанской сцены.

В фонде имеется множество документов, связанных с формированием и развитием нефтяной промышленности, геологической науки в Азербайджане. В их числе – документы, фотографии и открытки местных и зарубежных компаний, занимавшихся нефтедобычей в конце XIX – начале XX в., коллекции Михаила Абрамовича, Льва Гурвича, Фатуллы Рустамбекова, Сулеймана Везирова, Алиашрафа Ализаде и др.

Особое место среди экспонатов фонда занимают интересные материалы многих действительных членов и членов-корреспондентов Академии наук Азербайджана.

Наряду с ними, редчайшими экспонатами являются ценные материалы видного врача Бахадыра Гаибова, первой азербайджанской женщины-офтальмолога Соны Велихан, уникальные карты, этнографические фотографии в коллекции первого азербайджанского генерала-топографа И.Векилова. В фонде хранятся коллекции первого президента Академии наук Азербайджана Мирасадуллы Миркасимова, прославленного композитора Ниязи, первой азербайджанской балерины Гямяр Алмасзаде и др.

Фонд также включает в свой состав многочисленные материалы по I и II мировым войнам, материалы 416-й и 223-й национальных дивизий, азербайджанцев, удостоенных звания Героя Советского Союза, награжденных орденами и медалями.

Множество материалов Фонда документальных источников демонстрируется в постоянной экспозиции, на выставках музея. На их основе были изданы каталоги «Маэстро Ниязи», «Золотой фонд науки», «Генералы Азербайджана», «Мирза Фатали Ахундзаде-200», «Театральная жизнь Баку», «Нефтяная летопись Азербайджана» и др.

В 2014 г. при фонде был создан Сектор карт, в который вошли хранившиеся в разных фондах и библиотеке музея карты, в основном редкие.

В настоящее время коллекция фонда насчитывает 14224 единицы хранения.

Фонд возглавляли: Роза Писаревская (1955-1965), Осман Эфендиев (1965-1970), Светлана Медведева (1970-2008), Мехрибан Алиева (с 2008 г.). В настоящее время руководителем фонда является Эсмира Рагимова.