Созданный в 1955 году «Фонд драгоценных металлов» (в настоящее время «Специальный фонд») насчитывает 1690 экспонатов (585 серебряных и 342 золотых изделий, 763 золотых монет). Основная часть фонда состоит из образцов женских и мужских ювелирных украшений, золотых и серебряных изделий, найденных в ходе археологических раскопок на территории Азербайджана (Шеки, Мингечавире, Нахчыване, Бейлагане, Кабале, Шемахе, Агсу, Баку и др.), ценных материалов, принадлежавших известным личностям, золотых монет, а также различных предметов быта (пеналы, вазы, стаканы и т. д.). Самый древний и ценный экспонат Музея – фрагмент челюсти азыхантропа хранится в данном фонде. В 2004 году распоряжением президента Азербайджанской Республики Ильхама Алиева первый образец азербайджанского золота был передан в специальный фонд.

Материалы специального фонда демонстрировались на многочисленных международных и республиканских выставках, на основе указанных материалов были опубликованы статьи, буклеты, заслушаны доклады на конференциях и симпозиумах. Международные выставки:

1.90-летие Героя Советского Союза Мехти Гусейн-заде. 29 декабря 2008 года.

2. Мир Мугама – 2009. Выставка в Национальном музее истории Азербайджана приуроченная к Международному фестивалю мугама. 17.03.2009 год.

3. Баку – столица исламской культуры. 6 ноября 2009 год.  

4. Приобретенные и реставрированные материалы Музея. 28 января 2010 года.

5. Карабах – очаг древней культуры Азербайджана. 3 июня 2010 года.

6. Шедевры Музея. 13 октября 2010 года.  

7. Вторая жизнь экспонатов. 23 декабря 2011 года.

8. Аршин мал алан – 100. 20 февраля 2013 года.

9.«Азербайджан – Волшебная Страна огней». Город Прага. 2014. 

На основе экспонатов фонда были опубликованы следующие книги-альбомы и каталоги: Асланов Г.М., Голубкина Т.И., Садыхзаде Ш.Г. Каталог золотых и серебряных предметов из археологических раскопок Азербайджана, Баку: АН Азерб.ССР, 1966; научные каталоги «Шедевры коллекции Национального музея истории Азербайджана» (2010), Рустамбекова А.М. «Каталог золотых и серебряных предметов из археологических раскопок Азербайджана» (2013) и «Золотые монеты Мусульманского Востока (2020).

В разные годы фондом руководили: Нина Шахраманова (1955-1956), Пюстаханум Азизбекова (1956-1967), Майя Атакишиева (1967-1995), Атига Измайлова (1995-2005). Афет Рустамбекова (2009-2020), с 2020 года фонд возглавляет Инара Мурадалиева.