1955-ci ildə yaradılan “Qiymətli metallar fondu”nda (hazırda “Xüsusi fond”) 1690 eksponat (585 gümüş və 342 qızıl əşya, 763 qızıl sikkə) qorunur. Fondun əsas tərkibini qadın və kişi zinət və bəzək nümunələri, Azərbaycan ərazisində (Şəki, Mingəçevir, Naxçıvan, Beyləqan, Qəbələ, Şamaxı, Ağsu, Bakı və s.) tapılmış arxeoloji qızıl və gümüş əşyalar, tanınmış şəxsiyyətlərə məxsus qiymətli material, qızıl sikkələr, eləcə də müxtəlif məişət əşyaları (mücrülər, vazlar, stəkanaltılar və s.) təşkil edir. Muzeyin ən qədim və qiymətli eksponatlarından olan azıxantropun çənə fraqmenti bu fondda qorunur. 2004-cü ildə Azərbaycan Respublikası Prezidenti İlham Əliyevin sərəncamı əsasında muzeyə hədiyyə edilən Azərbaycanın ilk təbii qızıl nümunəsi də bu fonda təhvil verilmişdir.

Xüsusi fondun materialları çoxsaylı respublika və beynəlxalq sərgilərdə nümayiş etdirilmiş, bu materiallar əsasında məqalələr, bukletlər dərc olunmuş, konfrans və simpoziumlarda çıxışlar edilmişdir. Beynəlxalq sərgilər: “Sovet İttifaqı Qəhrəmanı Mehdi Hüseynzadənin 90 illiyi” 29 dekabr 2008-ci il, “Muğam aləmi”-2009. Beynəlxalq muğam festivalı ilə əlaqədar Milli Azərbaycan  Tarixi Muzeyində açılan sərgi-17.03.2009-cu il, “Bakı İslam mədəniyyətinin paytaxtıdır” 6 noyabr 2009-cu il. Muzeyə yeni alınan, bərpa və konservasiya olunan materiallar-28 yanvar 2010-cu il, “Azərbaycanın qədim mədəniyyət ocağı-Qarabağ” 3 iyun 2010-cu il, “Muzeyin inciləri” 13 oktyabr 2010-cu il, “Eksponatların ikinci həyatı” 23 dekabr 2011-ci il, “Arşın mal alan-100” 20 fevral 2013-cü il, “Azərbaycan Möcüzəli odlar yurdu” Praqa şəhəri.

Fondun eksponatları əsasında aşağıdakı kitab-albom və kataloq dərc edilmişdir: Асланов Г.М., Голубкина Т.И., Садыхзаде Ш.Г. «Каталог золoтых и серебряных предметов из археологических раскопок Азербайджана», Баку: АН Азерб.ССР, 1966; “Milli Azərbaycan Tarixi Muzeyi kolleksiyasının inciləri” kataloqunun (2010), Rüstəmbəyova A.M. “Azərbaycanın arxeoloji gümüş və qızıl əşyaları”, 2013. “Müsəlman Şərqinin qızıl sikkələri” (2020) elmi kataloqlar.

Fonda müxtəlif illərdə Nina Şahramanova (1955-1956), Püstəxanım Əzizbəyova (1956-1967), Maya Atakişiyeva (1967-1995), Ətiqə İzmaylova (1995-2005), Afət Rüstəmbəyova (2009-2020)rəhbərlik etmişdilər. 2020-ci ildən fonda İnarə Muradəliyeva rəhbərlik edir.