Muzey 1920-ci il iyunun 15-də “Doğma diyarın tədris muzeyi” adı ilə Azərbaycan SSR Xalq Maarif Komissarlığının məkdəbdənkənar işlər şöbəsində təzəcə təşkil olunmuş “Muzekskurs” yarımşöbəsinin nəzdində yaradılmışdır. Əsas bazasını Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti Parlamentinin ildönümü münasibətilə 1919-cu il dekabrın 7-də açılmış “İstiqlal” muzeyinin materialları təşkil edirdi. 1920-ci ilin iyulundan həmin muzeyin şərəfinə “Doğma diyarın tədris muzeyi – İstiqlal”, 1920-ci ilin oktyabrından 1936-cı ilin martınadək Azərbaycan SSR Dövlət Muzeyi adlandırılmışdır. Tarix Muzeyi 1920-ci ilin iyulundan məşhur neft sahibkarı və xeyriyyəçi Hacı Zeynalabdin Tağıyevin 1895-1901-ci illərdə tikdirdiyi sarayda yerləşdirilmiş və ilk tamaşaçılarını 1921-ci ilin mayında qəbul etmişdir.
Yarandığı ilk illərdə muzeydə tarix, arxeologiya və etnoqrafiya, botanika və zoologiya, mineralogiya və geologiya, təsviri incəsənət və bədii sənət, xalq təhsili, köməkçi tədris müəssisələri şöbələri, eləcə də Azərbaycan Doğma Diyarın Tədqiqi Cəmiyyəti və Qədim abidələrin mühafizəsi komissiyası fəaliyyət göstərirdi. 1923-cü ildə yaradılan və muzeylə sıx əlaqədə fəaliyyət göstərən Azərbaycanı Tədqiq və Tətəbbö Cəmiyyəti muzeyin tərkibindəki cəmiyyəti və komissiyanı özündə birləşdirdi. Sonrakı illərdə dövrün tələbinə uyğun olaraq muzeydə dəfələrlə struktur dəyişikliyi edildi.
1930-cu illərin ortalarında böyüməkdə olan nəslin siyasi tərbiyəsi məsələlərinə diqqətin artırılması, muzey ekspozisiyasında sosialist cəmiyyətinin “üstünlüklərini” nümayiş etdirməyin vacibliyinə dair partiya və hökumətin tələblərinin həyata keçirilməsi tarixin totalitar rejimin siyasətinə uyğun öyrənilməsi və təbliğini günün əsas məsələlərindən etdi. Məktəblərdə tarixin tədrisinə artırılan diqqət yeni tipli tarix-diyarşünaslıq muzeylərinin yaranması ilə müşayiət olundu. Azərbaycan SSR XKS-nin 31 mart 1936-cı il qərarına görə Azərbaycan Dövlət Muzeyinin yenidən qurulması, tarix profilli yeni muzeyin yaradılması və onun Azərbaycan Tarixi Muzeyi adı ilə yenicə təşkil edilmiş SSRİ EA-nın Azərbaycan Filialına verilməsi ilə nəticələndi. Bu, keçmiş Dövlət Muzeyinin tərkibindən 1934-cü ildə çıxmış Teatr Muzeyindən başqa qeyri-tarix profilli digər sahələrin ayrılmasına və yeni muzeylərin (Təbiət Tarixi Muzeyi, İncəsənət Muzeyi, Din və Ateizm Tarixi Muzeyi, Ədəbiyyat Muzeyi və s.) yaranmasına səbəb oldu. 30-cu illərin sonu – 40-cı illərin əvvəllərində baş verən kütləvi repressiya və müharibə alimlərin, muzey işçilərinin sıralarını seyrəltdi. 1941-ci ildən bu vaxtadək müstəqil qurum olan Tarix Muzeyi SSRİ EA Azərbaycan Filialının Tarix, Dil və Ədəbiyyat İnstitutunda muzey şöbəsinə çevrildi. Azərbaycan Tarixi Muzeyi 1945-ci ildə yaradılmış Azərbaycan SSRİ EA-nın tərkibində eyni adla fəaliyyətə başladı.
1920-41-ci illərdə H.Z.Tağıyev mülkündə və Şirvanşahlar Sarayında, əsasən, tarixi mövzularda sərgilər təşkil edən muzey (1941-1952-ci illərdə H.Z.Tağıyev mülkündə Azərbaycan SSR XKŞ – Nazirlər Soveti yerləşdirilmişdi) müharibə və sonrakı illərdə elmi tədqiqat (xüsusilə arxeoloji) işlərinə daha çox üstünlük verdi.
1953-cü ildə Tağıyev mülkünün yenidən muzeyə qaytarılması və dövlətin muzey quruculuğu sahəsində gördüyü tədbirlər Tarix Muzeyində xalqın ta qədimdən bu günədək tarixini əks etdirən elmi ekspozisiyanın qurulması üçün şərait yaratdı.
Milli Azərbaycan Tarixi Muzeyinin fəaliyyəti haqqında danışarkən tez-tez “birinci” və “ilk dəfə” sözlərindən istifadə etmək lazım gəlir. Belə ki, 1925-ci ildən başlayaraq 60-cı illərədək, arxeoloji işlərin aparılması EA-nın Tarix İnstitutuna həvalə edilənədək, respublikanın arxeoloji mərkəzi olan Tarix Muzeyi arxeoloqlar Davud Şərifov, Yevgeni Paxomov, İshaq Cəfərzadə, Mövsüm Salamov, Saleh Qazıyev, Məmmədəli Hüseynov və b.-nın rəhbərliyi ilə Xocalıda, Naxçıvanda, Qəbələdə, Gəncədə, Xaraba Gilanda, Örənqalada, Mingəçevirdə və b. yerlərdə apardıqları qazıntılarla Azərbaycan ərazisinin qədim maddi-mədəniyyət abidələrinin elmi baxımdan öyrənilməsinin əsasını qoydu. Məhz bu ekspedisiyalar, eləcə də Muzeyin təşkil etdiyi etnoqrafik ekspedisiyalar zamanı əldə olunan və bu gün muzeyin fondlarında qorunan material ekspozisiyanı, o cümlədən muzey kolleksiyasını zənginləşdirdi, neçə-neçə kitab və dissertasiya üçün mənbə rolunu oynadı.
60-cı illərdən başlayaraq muzey bilavasitə arxeoloji ekspedisiyalar təşkil etməsə də, yeni bir sahənin - sualtı arxeoloji tədqiqatların mərkəzinə çevrildi. 1968-72-ci illərdə Muzeyin əməkdaşı tarixçi-arxeoloq Viktor Kvaçidzenin başçılıq etdiyi qəvvaslar qrupu Xəzər dənizində və sahilyanı ərazidə (Bəndovan I, Bəndovan II, Bilgəh və s.) tədqiqat işləri aparmış, bu gün ekspozisiyada görkəmli yer tutan sualtı arxeoloji materialı aşkar etmiş, su altında qalmış orta əsr yaşayış yerlərinin (Muğan, Quştaşfi) tapılması və öyrənilməsi işinin əsasını qoymuşlar.
Muzeyin zəngin kolleksiyası müxtəlif illərdə nəşr edilmiş buklet, kataloq, albom və məqalələrin əsasını təşkil etmişdir. Muzey tərəfindən nəfis şəkildə nəşr edilmiş “Milli geyimlər”, “Zərgərlik bəzəkləri”, “Şərq silahları”, “Mis məmulatı”, “Xalçalar və xalça məmulatı”, “Azərbaycan tikmələri”, “Arxeoloji material”, “Numizmatika”, “Sualtı arxeologiya” adlı kitablar yüksək rəğbətlə qarşılanmışdı. 1966-cı ildə “Azərbaycanda aparılan arxeoloji qazıntılardan əldə edilmiş qızıl və gümüş əşyaların kataloqu” və 1972-ci ildə “Azərbaycanın qədim bəzəkləri” albomunun nəşri də tarixsevərlər arasında böyük marağa səbəb olmuşdu. 1970-80-ci illərdə “Eksponatlar danışır” adı ilə ən yeni tariximizə dair orijinal və nadir eksponatların təsviri və onlar haqqında məlumat verən iki cildlik kitab çapdan çıxmışdır.
Muzeyin fondlarında saxlanılan bir çox materialı əks etdirən, Azərbaycan tarixşünaslığında ilk dəfə dövlətçilik rəmzlərimizi özündə birləşdirən orijinal “Azərbaycanda dövlətçilik və onun rəmzləri” kitab-albomu 2000-ci ildə işıq üzü görmüşdür.
Muzeyin 1950-90-cı illərdə nəşr edilən əsərləri və burada aparılan elmi tədqiqat işlərinin nəticəsinə həsr edilmiş elmi sessiyaların materialları da onun elmi nəşrlərindəndir. Bu iş 2001-ci ildən davam etdirilərək “Azərbaycan Tarixi Muzeyi” adı altında Azərbaycan Tarixi Muzeyi-80, Azərbaycan Tarixi Muzeyi-2002, və s. adlarla nəşr olunub. Elmi məqalələr toplusu olan bu əsərlər əsasən muzey materiallarına əsaslanır, toplanılan eksponatların xüsusiyyətlərini, ekspozisiyaların elmi baxımdan təşkilini, muzeyşünaslığın vəzifələrini, əməkdaşların elmi fəaliyyətini əks etdirir. 2002-ci ildə muzeyin fondlarında mühafizə edilən xatirə kolleksiyası əsasında hazırlanmış “Maestro Niyazi” kataloqu, 2003-cü ildə Azərbaycan Tarixi Muzeyinin kolleksiyasına həsr olunmuş multimedia kompakt diski (YUNESKO-nun maliyyə yardımı ilə), 2004-cü ildə “Elmin qızıl fondu” kataloqu və s. işıq üzü görmüşdür. Onu da qeyd etməliyik ki, bu əsərlər fəaliyyət göstərdiyi illər ərzində Azərbaycan Tarixi Muzeyinin qrifi ilə çıxan nəşrlərin yalnız cüzi hissəsidir.
Muzeydə aparılan elmi-tədqiqat işləri Azərbaycanda tarix elmini inkişaf etdirməklə yanaşı özünün başlıca vəzifəsini yerinə yetirir: muzeyin simasını-onun ekspozisiyasını formalaşdırır. Müxtəlif ekspedisiyaların nəticələri, gərgin axtarışlardan sonra əldə edilən qiymətli arxeoloji, etnoqrafik, numizmatik, sənədli və əşyayi materiallar ekspozisiyada nümayiş etdirilir və xalqımızın özünəməxsus çoxəsrlik mədəniyyətinə və tarixinə şəhadətlik edir.
2005-ci ildən Azərbaycan Tarixi Muzeyində əsaslı bərpa və yenidənqurma işləri başlanmışdır. İki il ərzində aparılan işlər nəticəsində Tağıyev sarayının bənzərsiz xarici və daxili görünüşü yenidən özünə qaytarıldı. 2005-ci ilin noyabrında Nazirlər Kabinetinin sərəncamı ilə muzeyə milli statusu verildi.
2007-ci il dekabrın 28-də isə Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyev və xanımı Mehriban Əliyeva Milli Azərbaycan Tarixi Muzeyinin açılışını etdilər. Muzeydə aparılan yenidənqurma işləri ilə tanış olan dövlət başçısı yeni ekspozisiyanın bir hissəsini, həmçinin H.Z.A.Tağıyevin xatirə muzeyini gəzdi və əldə olunan nailiyyətlərdən razılığını bildirdi.
Prezidentin Muzeyin fəxri qonaqlar kitabında yazdığı sözlər onun Azərbaycan mədəniyyətinə, xalqın mənəvi irsinə münasibətini bir daha nümayiş etdirdi: “Tarix Muzeyi əsaslı təmirdən sonra öz fəaliyyətini davam etdirir. Muzeyin ekspozisiyası Azərbaycan tarixinin nə qədər qədim və zəngin olduğunu göstərir. Muzeyin bütün avadanlığı dünya standartlarına uyğundur. Muzeyin binası və daxili tərtibatı Azərbaycanın milli sərvətidir. Biz Muzeyi təmir etdirməklə ona yeni həyat verdik. Azərbaycan xalqının böyük oğlu Hacı Zeynalabdin Tağıyevin evinin bərpası bizim mənəvi borcumuz idi. Öz zəhməti hesabına böyük maliyyə imkanlarını qazanmış bu şəxsiyyət Azərbaycan gənclərinin maarifləndirilməsinə böyük töhfələr vermişdir. Əminəm ki, Muzeyin bundan sonra da fəaliyyəti həmişə olduğu kimi uğurlu olacaq. Tarix Muzeyinin bütün əməkdaşlarına yeni uğurlar arzulayıram”.