Muzeyin Silahlar və bayraqlar fondunda mühafizə olunan qiymətli eksponatlar arasında Bakı xanlığının bayrağı və qala qapılarının gümüş açarları vardır. Bayrağın 220 x 122 sm ölçüdə olan dördkünc qumaşı açıq moruğu və açıq yaşıl xara parçalardan tikilmiş, üstü müxtəlif ölçülü və formalı ornament və yazılarla bəzədilmişdir. Rəngarəng ipək saplardan istifadə etməklə, tikmə üsulu ilə naxışlanmış bayraq qumaşının üstündə artıq solmuş güləbətin saplarının da izləri qalmışdır. Bayrağın üstündəki aypara təsvirlərinin içində tikmə üsulu ilə tünd moruğu saplarla ərəb dilində Quran ayələri və ifadələri nəqş olunmuşdur. Bayrağın astar hissəsinə onun üzlüyündə toxunmuş bütün naxışların tərsi düşmüşdür.