Silahlar və Bayraqlar fondu 1955-ci ildə yaradılmış Yeni tarix fondunun əsasında 2009-cu ildə təşkil olunmuşdur. Fondda 1575 saxlanma vahidi material qorunur. Onların içərisində Qafqazda, o cümlədən Azərbaycanda, müxtəlif Şərq ölkələrində, Avropada, Rusiyada istehsal olunmuş müdafiə, soyuq və odlu silah nümunələri (dəbilqələr, qalxanlar, halqalı əsləhələr, sinəbənd, qolçaq və ayaqlıqlar, qılınclar, xəncər və toppuzlar, tüfənglər, tapanca və toplar), eləcə də xanlıqlar dövrünün hərbi diviziyaların və müxtəlif respublikaların dövlət bayraqları vardır.
Bu silahlar silah istehsalının ən yüksək səviyyədə olmasından, Azərbaycan silahsazlarının yüksək peşəkarlığından xəbər verir. Fondun materialları mütəmadi olaraq muzeyin ekspozisiyasında və müxtəlif sərgilərdə istifadə olumaqla yanaşı bilavasitə yalnız fondun kolleksiyasını əhatə edən sərgilərdə də nümayiş etdirilir: “Şərq silahları və bayraqları” (1999). “Torpağa sancılmış qılınc” (2012), Azərbaycan Müdafiə Sənayesi Nazirliyinin təşkil etdiyi “I Azərbaycan Beynəlxalq Müdafiə Sənayesi sərgisi” (2014), “II Azərbaycan Beynəlxalq Müdafiə Sənayesi sərgisi” (2016), “III Azərbaycan Beynəlxalq Müdafiə Sənayesi sərgisi” (2018), Gəncə şəhərində təşkil olunan sərgi (2014), Milli Azərbaycan Tarixi Muzeyinin nəzdində II Dünya müharibəsinin 70 illiyinə həsr olunmuş sərgi (2015), Milli Azərbaycan Tarixi Muzeyinin yaranmasının 95 illiyi münasibətilə keçirilən sərgi (2015), “Şah İsmayıl-hökmdar və sərkərdə” (2016), “Şirvanşahlar dövləti” (2017), “Azərbaycan milli geyimləri” sərgisi (2017), Qafqaz islam Ordusunun Bakını azad etməsinin 100 illiyinə həsr olunmuş sərgi (2018), “Azərbaycan Cümhuriyyətinin görkəmli xadimləri” sərgisi (2018), “Admiral C.Cavadov. həyatı, döyüş və xidmət yolu” sərgisi (2018), “Ordum varsa, yurdum var” sərgisi (2018), “Şəki özü bir muzeydir” sərgisi (2019), “Azərbaycan II Dünya Müharibəsində” sərgisi (2020).
Milli dəyərlərimizin bariz nümunələri olan bu eksponatlar bir sıra beynəlxalq sərgilərdə maddi mədəniyyətlərimizi, tarixi irsimizi əks etdirməklə yanaşı bu irsi təbliğ edir: 2006-2007-ci illərdə Norveç Stavanger şəhərində “Karvan: Azərbaycan odlar yurdu”, 2012-ci ildə İtaliyanın Roma şəhərində “Azərbaycan inciləri”, 2012-2013-cü illərdə Çexiya Respublikasının Ostrava şəhərində “Azərbaycan -əbədi odlar diyarı”, 2014-2016-cı illərdə Çexiyanın Praqa şəhərində “Azərbaycan: möcüzəli Odlar yurdu”, 2019-cu ildə Moskva şəhərində Xalq Təsərrüfati Nailiyyətləri ərazisində “Azərbaycan Böyük Vətən müharibəsi dövründə”(2020) sərgiləri.
Fond materialları əsasında “Azərbaycanda dövlətçilik və onların rəmzıəri” (2000), “Milli Azərbaycan Tarixi Muzeyinin inciləri” (2010) kitab albomları, “Azərbaycan bayraqları” (2005), “Azərbaycan müdafiə silahları” (2012), “Azərbaycan soyuq və odlu silahları” (2016) kataloqları nəşr olunmuş, “Azərbaycan orta əsr silahları” (2019) monoqrafiyası, “Azərbaycan şəhərlərinin açarları” (2020) bukleti çap edilmişdir. Silahlar və bayraqlar fondunun materialları əsasında müxtəlif janrda televiziya verilişləri çəkilmiş, ayrı-ayrı respublika və beynəlxalq konfranslarda tezis və məruzələrlə çıxışlar olunmuşdur.
Fonda rəhbərlik etmişlər: Fikrət Süleymanov (1955-1965), Sara Cangirova (1965-2002), Sevinc Vahabova (2002-2021), 2021-ci ildən fonda Qətibə Həsənova rəhbərlik edir.
