1925-ci ildən başlayaraq 60-cı illərədək,yəni  arxeoloji işlərin aparılması EA-nın Tarix İnstitutuna həvalə edilənədək, respublikanın arxeoloji mərkəzi olan Tarix Muzeyinin arxeoloqların apardıqları qazıntılarla Azərbaycan ərazisinin qədim maddi-mədəniyyət abidələrinin elmi baxımdan öyrənilməsinin əsasını qoydu.

Məhz bu ekspedisiyalar, eləcə də Muzeyin təşkil etdiyi etnoqrafik ekspedisiyalar zamanı əldə olunan və bu gün muzeyin fondlarında qorunan material ekspozisiyanı, o cümlədən muzey kolleksiyasını zənginləşdirdi, neçə-neçə kitab və dissertasiya üçün mənbə rolunu oynadı. Hazırda Arxeologiya, Numizmatıka və Etnoqrafiya fondları  Muzeyin ən böyük və zəngin fondlarından sayılır.

Muzeyin son üç ildə nəşr olunmuş toplularında bu fondların materiallarının tədqiqi elmi fond şöbələrinin üzərinə düşür. Arxeologiya fondunun materialları əsasında bir sıra elmi məqalələr yazılmışdır. Toplunun 2012-ci ildə çapdan çıxan nömrəsində Arxeoloğiya elmi fond şöbəsinin müdiri Quluzadə  Nasirin “Milli Azərbaycan Tarixi Muzeyinin Arxeologiya fonduna daxil olmuş maddi mədəniyyət nümunələri” adlı məqaləsində 155 ədəd arxeoloji və təsadüfi tapıntı haqqında məlumat verilir. Qeyd etmək lazımdır ki, bu materiallar Azərbaycan Respublikasının prezidenti cənab İlham Əliyevin  16 mart 2011-ci il tarixli fərmanı ilə yeni muzey əşyalarının alınması üçün ayırdığı vəsait hesabına  muzeyə alınmış və tarixi əhəmiyyətinə görə çox qiymətli və zəngin əşyalar arasında xüsusi yer  tutur. Müəllif tərəfindən bu materiallar ilk dəfə elmi dövriyyəyə gətirilmış və onlar haqqında ilk ümumiləşdirici tədqiqat işi yazılmışdır. Müəllif göstərir ki, bu materiallar ekspozisiyanı zənginləşdirdiyi kimi, təmsil etdikləri bölgənin maddi-mədəniyyət tarixinin öyrənilməsində, burada yaşamış əhalinin  həyat tərzi və və mədəni əlaqələri ilə bağlı dəyərli mənbələrdir.   

Yazılı mənbələrin məlumatına əsasən eramızın I-III əsrlərində  sarmat-alan tayfalarının Xəzərin sağ sahillərindən Cənubi Qafqaza və oradan Ön Asiyaya daxil olmasını  bir sira arxeoloji  materiallar, ilk növbədə qəbir abidələrinin tədqiqi təsdiq  edir. Görkəmli arxeoloq Qoşqar Qoşqarlı  “Altıağac qəbristanlığ”ı adlı məqaləsində  Xizi rayonu altıağac kəndi ərazisində tədqiq olunmuş torpaq qəbirlərinin nümunəsində sarmatların bu bölğədəki alban əhalisinin maddi və mənəvi mədəniyyətinə etdiyi təsirin səviyyəsini göstərir və sarmat-alan etnik kütləsinin I-III əsrlərdə Qafqaz Albaniyası hüdudlarına sirayət etmə dərinliyini müəyyən etməyə çalışır. Toplunun həmin sayında  arxeoloq alimin elmi rəhbəri olduğu muzeyin aspirantı  gənc tədqiqatçı Emin Məmmədovun da maraq doğuran “ Qədim şəhər Mingəçevir-Saminus arxeoloji tədqiqatlar əsasında” adlı məqaləsi nəşr olunmuşdur. Məqalədə hələ qədim yunan filosofu və coğrafiyaçı Klavdiy Ptolomeyin qeyd etdiyi Saminusun yerləşdiyi yer haqqında məlumat verilir, XIX və XX əsrin ortalarında aparılan  tədqiqatların nəticələri yeni arxiv materialları və ilk mənbələrin məlumatları əlavə edilməklə ilə tədqiq edilir.

Toplunun 2010-cu il nömrəsində  arxeoloq  alim  Qafar Cəbiyev və Fariz Xəlillinin “Orta əsr Ağsu şəhərindəki  arxeoloji tədqiqatlara həsr olunmuş  20 səhifəlik geniş əhatəli elmi məqaləsi də çap olunmuşdur. Məqalədə deyilir ki, XVIII əsrin ikinci yarısından Şirvanda baş vermiş  arasıkəsilməyən hərbi-siyasi intriqaların episentri , eyni zamanda  həm də regionun iri ticarət məkkəzlərindən olan Ağsuda  aparılmış arxeoloji qazıntılardan tapılmış maddi mədəniyyət abidələri burada şəhər həyatının  kifayət qədər intensiv inkişaf etdiyini söyləməyə  əsas verir. Ağsu şəhəri birtəbəqəli abidə olduğundan orada tapılmış maddi-mədəniyyət nümunələri konkret xronoloji çərçivəni əhatə edir. Bu mənada orada aşkar edilmiş maddi-mədəniyyət nümunələri konkret tarixi mərhələyə aid tapıntıların spesifik xüsusiyyətlərinin öyrənilməsi, beləliklə də ayrı-ayrı sənət sahələrinin inkişaf və ya tənəzzül dinamikasının tədqiqi baxımından da mühüm elmi əhəmiyyət kəsb edir.

Muzeyin elmi əsərlərində  numizmatık  materiallara həsr olunmuş elmi məqalələr də özünə layiqli yer almışdır. Bunlardan biri professor Əli Rəcəblinin İradə Nəcəfova ilə birlikdə yazdığı Qəbələdə tapılmış  Roma sikkələrinə həsr olunmuş məqaləsidir. Milli Azərbaycan Tarixi Muzeyinin kolleksiyasında toplanılan Roma pullarının Azərbaycan Respublikası ərazisində dəqiq tapıldığı yerlərin adları bilinmədiyindən bu məqalədə yalnız dəqiq olaraq Qəbələ ərazisindən tapılmış sikkələr təqdim olunur.

Professor Əli Rəcəblinin “ İçərişəhər tarixi-sikkələr güzgüsündə” adlı ikinci məqaləsində numizmatik faktlar əsasında Bakı şəhərinin tarixi şərh olunur. İçərişəhərdə və Abçeron yarımadasında aşkar olunan sikkə dəfinələri və tək-tək sikkə tapıntıları Bakıda VI yüzildən gümüş və mis sikkələr zərb olunduğunu, sikkələr üzərində şəhərin adlnın müxtəlif tarixi dövrlərdə- sasani zərbində  Baqavan,  orta əsrlərdə Bakubə( Bakuyə) Bakı xanlığında  Badikubə kimi həkk edildiyini göstərilir.

Azərbaycanda sikkə zərbi məsələsi  Əli Rəcəblinin aspırantı olmuş Aygun Məmmədovanın iki məqaləsində də əks olunmuşdur. Aygün xanım  mənbələrə, numizmatik əsərlərə və Milli Azərbaycan Tarixi muzeyi ilə yanaşı dünyanın digər  muzeylərində qorunan  dəfinə  kolleksiyası ilə müqayisələr aparmış,  Ərəb xilafəti dövründə Azərbaycanda, , o cümlədən Bərdə şəhərində VI-IX əsrlərdə  zərb edilmiş sikkələrin numizmatık təyinatını verərək xüsusiyyətlərini göstərmiş, və nəticədə müxtəlif ölkələrdə bu pulların tapılmasını Azərbaycanın göstərilən  dövrdə geniş ticarət əlaqələrinin olması ilə əlaqələndirmişdir.

Toplunun 2010-cu il sayında Muzeyin  1998-ci ildə  Numizmatika fondu əsasında yaradılmış  Faleristika və qlipkika fondu, hazırda isə Köməkçi fənn materialları fondunun kolleksiyası  əsasında tarixə yardımçı fənnlər olan- faleristika, qliplika , bonistika, filateliya, şəxsi təltiflər, eləcə də fondda qorunan materialların sayı və təsviri haqqında  ilk fəfə olaraq fond  müdiri Sənubər Qasımova tərəfindən araşdırılır, onların tarix, mədəniyyət problemlərinin həlli, kataloq və bukletlərin tərtibi, elmi nəşrlər üçün əhəmiyyəti göstərilir.

Toplu vasitəsilə  tədqiq edilərək təbliğ edilələn materialların bir qismi də xalqımızın həyat tərzi və məişətini əks etdirən Muzeyin Etnoqrafiya fondundakı materiallardır. Bu materialların tədqiqinə etnoqraflar önəmli yer ayırırlar. Etnoqraf-alim  Gülzadə Abdulova “Ənənəvi qadın geyim bəzəkləri” adlı məqaləsində  göstərir ki, milli qadın geyimlərinin gözəlliyini şərtləndirən əsas əlamətlərdən biri yüksək keyfiyyətli parçalar idisə, diğər mühüm şərt geyimlərə əlavə olunan bəzəklər idi. Müəllif təkcə Etnoqrafiya fondunun deyil, arxeologiya, və xüsusi  fondlarında qorunub saxlanan kolleksiyalar üzərində də etnoqrafik araşdırmalar apararaq belə nəticəyə gəlir ki,  milli geyimləri zənginləşdirmək üçün məişətdə əsrlər boyu  zəngərlik məmulatı geniş şəkildə istifadə edilmişdir. Milli paltarların istifadədən çıxması ilə əlaqədar həmin bəzək əşyaları da istifadədən qalmış və hazırkı dövrdə qiymətli eksponat kimi muzeyin fondlarında qorunaraq saxlanır.

Muzeyin zəngin və  az işlənilmiş  fondlarından sayılan  “Sənədli mənbələr fondunda” çox qiymətli matriallar mövcuddur. Bu materialların  tədqiq edilərək dövriyyəyə buraxılması  Milli Azərbaycan Tarixi Muzeyi qarşısında duran problemlərdəndir. Keçən ildən başlayaraq bu fondun materialları əsasında silsilə kitablar hazırlanmağa başlamışdır.  Sənədli mənbələr fondunun qiymətli materialları tədqiq olunaraq  Toplunun hər sayında, “Muzey fondlarındakı eksponatlar danışır” rubrikası artında elmi məqalələrdə öz əksini tapmışdır.  Toplunun son illərdə dərc olunmuş saylarında  elmi ekspozisiya şöbəsinin başda  Zərifə xamım olmaqla məqalələrinin  materialları  demək olar ki, yenidir və ilk dəfə tədqiqata  cəlb edilmişdir.