Milli Azərbaycan Tarixi Muzeyində Əhməd bəy Ağaoğlu irsi geniş tədqiq və təbliğ edilir. 2019-cu ildə Muzeydə Əhməd bəy Ağaoğlunun anadan olmasının 150 illiyinə həsr edilmiş Beynəlxalq Simpoziumun materialları” (Bakı, 2-3 oktyabr 2019; Tərtibatçı: F.R.Cabbarov. Bakı: Elm və təhsil, 2019, 484 s.) toplusu çap olunmuşdur. Muzeyin elmi katibi, dosent Fərhad Cabbarovun “Erməni yazıçısı Aleksandr Şirvanzadə Ə.Ağaoğlunun Bakıda 1905-ci il fevral qırğını ərəfəsində fəaliyyəti haqqında” (s.267-277); aparıcı elmi işçi, dosent Bəhman Kərimovun “Teymur bəy Bayraməlibəyovun məqalələrində qadın təhsili mövzusu” (s.345-351), böyük elmi işçi, t.ü.f.d. Əli Fərhadovun “Əhməd bəy Ağaoğlu: dini islahatçılıq nümunəsi” (s.376-393) adlı məruzələri topluda nəşr olunub. Qeyd edək ki, Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 10 aprel 2019-cu il tarixli Sərəncamına uyğun olaraq keçirilmiş simpoziumun materiallarında Azərbaycan, İran, Niderland, Rusiya və Türkiyə alimlərinin 30-dan artıq elmi məruzəsi yer alıb. Tərtibçisi, ön sözün, qeyd və şərhlərin müəllifi dosent Fərhad Cabbarov olan "Əhməd bəy Ağaoğlu. Qafqazda milli məsələ. Məqalələr və sənədlər toplusu” kitabı da çox əhəmiyyətlidir və Azərbaycan, rus dillərində nəşr olunub. Həmçinin Muzeyin kitabxanasının Nadir kitablar fondunda görkəmli Azərbaycan mütəfəkkiri Əhməd Ağaoğlunun “Üç mədəniyyət” kitabı mühafizə edilir. Əsər əski əlifba ilədir. 1927-ci ildə Türk ocaqları mətbəəsində nəşr olunub. Əsərdə dünya sivilizasiyasının beşiyi olan Şərqin tənəzzülünün səbəbləri araşdırılır. Kitab görkəmli Azərbaycan şərqşünası, tarixçi, arxeoloq, t.e.n. Əjdər Ələsgərzadənin (1895-1964) şəxsi arxivindən olub, onun qızı, Muzeyin Numizmatika fondunun mühafizi Zümrüd Ələsgərova tərəfindən hədiyyə edilmişdir. Sənədli mənbələr fondunda görkəmli Azərbaycan mütəfəkkiri Əhməd bəy Ağaoğlu (1869-1939) və ailəsi haqqında məlumatları əks etdirən sənədlər (inv. № 4714, 4715, 4716) qorunur. Bunlar Türkiyə Cümhuriyyətində çap olunmuş iki ensiklopedik nəşrin və bir qəzetin ayrı-ayrı səhifələrinin surətləridir. Bir ensiklopedik məlumatda sırf Əhməd bəy Ağaoğludan bəhs edilir, oğlu Səməd Ağaoğlunun arxivi əsasında tərtib edilən digər yazılarda Ə.Ağaoğlunun, Səməd bəyin özü və oğlu Tektaşın fəaliyyəti barədə bilgi əldə etmək olar. Qəzetdə isə 1989-cu ildə vəfat etmiş Türkiyənin ilk qadın vəkili, Ə.Ağaoğlunun qızı Sürəyyə xanımın nekroloqu dərc edilmişdir. Bu nəşrlərdə yer almış bəzi tarixlərə əsasən, (məsələn, Səməd Ağaoğlunun 1975-ci ilə aid fotoşəkili, habelə qəzetin digər yazılarında rast gəlinən il göstəriciləri), həmin materialların ötən əsrin 70-80-ci illərdə işıq üzü gördüyü təxmin edilir. Təqdim edilən sənədləri Əhməd bəy Ağaoğlunun qohumu Nigar Vəli qızı Axundovadan toplayan Muzeyin elmi işçisi Sevil Qazıyeva onları Fonda təhvil vermişdir. Muzeydə Əhməd bəy Ağaoğluna məxsus fotoneqativlər də qorunur. Neqativ fondunda Ə.Ağaoğlunun həyat və yaradıcılığını əks etdirən 8 fotoneqativ material - Ə.Ağaoğluya məxsus III çağırış Türkiyə Böyük Millət Məclisinin üzvlük vəsiqəsi, 1918-1920-ci illərdə Ə.Ağaoğlunun Malta adasında sürgündə olduğunu əks etdirən fotoneqativlər mühafizə olunur. Bu fotoneqativlər Ə.Ağaoğlu irsinin tədqiqatçıları üçün dəyərli mənbədir. Muzey fondlarında saxlanılan bu materiallar və nəşr olunan əsərlər Ə.Ağaoğlu irsinin tədqiqi və təbliği baxımından əhəmiyyətlidir.