10 sentyabr 1806-cı il Rusiya imperatoru I Aleksandr “Mehdiqulu xana ali sərəncam və Qarabağ əhlinə vədlər” adlı fərman imzaladı. Fərmanla Qarabağ xanı kimi təsdiq olunan Mehdiqulu xana hakimiyyət rəmzi olaraq, fəxri bayraq və qılınc göndərilməsi qərarı qəbul edildi. İmperator I Aleksandr tərəfindən vəd edilən bayraq bir il sonra -1807-ci ildə Mehdiqulu xana təqdim edildi. 1822-ci ildə Qarabağ xanlığı ləğv olunanda Mehdiqulu xanın titulu saxlanıldı. 1838-ci il oktyabrın 30-da imperator I Nikolay Qarabağ xanlarının bu bayraqdan hakimiyyət rəmzi kimi istifadə etmək hüququnu təsdiq etdi. Lakin 1845-ci ildə Mehdiqulu xan vəfat edəndən sonra Qarabağın idarə edilməsi rus məmurlarına tapşırıldı və imperiya vədi, fərmanları pozuldu.

Sonralar Fəxri bayraq mühafizə olunması üçün Tiflisdəki Qafqaz Hərbi Tarix Muzeyinə təhvil verildi və ilk dəfə 1913-1917-ci illərdə ictimaiyyətə nümayiş etdirildi. Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti dövründə bayrağın vətənə qaytarılması istiqamətində iş aparılsa da, Cümhuriyyətin süqutu buna imkan vermədi. 1928-ci ildə Azərbaycan Tarixi Muzeyinin direktoru Davud Şərifov bayrağın qaytarılmasına nail oldu. Bayraq Rusiya imperatorlarının məhz Cavanşir sülaləsindən olan Azərbaycan xanlarının əzəli Azərbaycan ərazisi olan Qarabağın hakimləri kimi tanımalarının maddi sübutudur. Bayraq muzeyə hakimiyyət rəmzi olaraq hədiyyə edilib.

Sözügedən bayrağın sapı bərpaçı-rəssam Əjdər Qafarov tərəfindən təmizlənərək, qoruyucu maddə ilə örtülüb. Eksponatın ucluq hissəsindəki qotazı isə muzeyin bərpaçı-rəssamı Qənirə Məmmədova tərəfindən demontaj edilib. Üzərində olan güləbətin tikmələri, qaytanı, baftası mexaniki və kimyəvi  üsulla təmizlənib, qopan ipləri yerinə bərpa edilərək, eksponata ikinci həyat verilib.