1924-cü ildə Tiflisdə yerləşən Qafqaz Hərb Tarixi Muzeyindən təhvil alınmış Gəncə, Bakı, Şəki, İrəvan, Təbriz və Xoy xanlıqlarının on iki bayrağı arasında olan bu bayraqlardan üçü hal-hazırda Milli Azərbaycan Tarixi Muzeyinin Silahlar və bayraqlar fondunda saxlanılır. Bunlardan beşbucaqlı və düzbucaqlı üçbucaq formasında olan iki bayraqdan əlavə üçüncü bayraq həm öz daha qədimliyi, həm də rəvayəti ilə ümumiyyətlə, xanlığın digər bayraqlarından fərqlənir. Düzbucaqlı üçbucaq formasında olan Şəki xanlığının bayrağının (ölçüləri 143x105x93,5 sm) üz və astar tərəfləri müxtəlif növ parçalardan (tirmə və kətan) tikilmiş, sonralar bərpa zamanı üz astardan ayrılmışdır. “Qafqaz Hərb Tarixi Muzeyi üzrə bələdçi” kitabında (Tiflis, 1913) verilmiş qısa məlumata görə Şəki xanlığı uğrunda son döyüş zamanı rusların əlinə keçmiş bu bayraq 1606-cı ildə hindistanlı Hacı Hüseyn tərəfindən hazırlanmış, Nadir şahın Hindistan yürüşündə əldə etdiyi qənimətlərdən olmuşdur. Hacı Çələbinin Şəkini müstəqil xanlıq elan etməsi Nadir şahın 1744-cü ildə oraya hücumu, uzun müddət davam edən müqavimətdən sonra Əfşarların hakimiyyətinin tanınması ilə nəticələnmişdi. Nadir şaha məxsus bayraq elə həmin dövrdən Şəki xanlığının bayraqlarından biri oldu (onun hədiyyə və ya döyüş qəniməti kimi əldə olunması haqqında məlumat yoxdur).
Bayrağın tirmə parçadan tikilmiş üz tərəfindən fərqli olaraq, onun saya kətan parçadan olan astar üzündə müxtəlif ornament, işarə və yazılar çoxdur. Bayraq hazırlanarkən onun üstündə olan sanskrit yazılara sonralar ərəb və fars dillərində əlavələr edilmişdir. Lakin bu yazıların bir hissəsi sonradan, muzeydə saxlanılma şəraitinin qənaətbəxş olmaması üzündən pozulmuş, hətta oxunmaz hala düşmüşdür. Bayrağın təhvil alınarkən elmi pasportunda olunan qeydə görə həmin yazılardan birində “Böyük sultan, ən böyük xaqan, insanların başlarının ağası Nadir şah. Allah onun hakimiyyətini əbədi etsin. 1155 (1742-43) il” sözləri yazılmışdır. Bayraq qumaşının üstündə Quranın müxtəlif surələrindən ayələr, həmin ayələrin başlanğıcında mənası, məqsəd və mahiyyəti bu gün də alimlər üçün anlaşılmaz qalan və “Allahın sirri” hesab edilən bir və ya bir neçə hərf həkk olunmuşdur (mim ha, mim dəl; dəl, mim, ha və s.). Bayraq qumaşı üzərindəki yazıların əmələ gətirdiyi böyük kvadrat və iki düzbucaqlıda Quran ayələrindən ayrı-ayrı sözlər, kiçik surələr, Allahın epitetləri, eləcə də döyüşdə qələbəyə inam və ümüd verən, adətən döyüş bayraqları və silahlarında olan “Kömək Allahdandır və yaxın qələbə” sözləri verilmişdir. Bu bayrağın 287 sm uzunluğunda olan, qara və yaşıl rəngə boyadılmış sapına keçirilmiş mis ucluq (uz. 29 sm) üç hissədən ibarətdir. Konusvari borunun başına görünür sonradan əzilmiş kürə formasında olan “alma” taxılmışdır. Üst hissə ortası qabarıq yarpaq formasında kəsilmiş və qızıl suyuna salınmış içi boş ucluqdan ibarətdir.
